Pokemon Origins (di Jepang Pocket Monsters: The Origins), diperkenalkan pada ajang Pokemon Game Show 18 Agustus 2013 di Jepang. Pokemon Origins yang tayang di Jepang pada 2 Oktober 2013, merupakan anime special yang bersamaan dengan Pokemon X Y. Pokemon Origins mengambil setting cerita rivalitas antara Red dengan Green (game Pokemon pertama), meski begitu di dalam anime special 4 episode ini juga menghadirkan feature Mega Evolution.
Berikut ini ialah daftar episode Pokemon Origins.
- Episode 1: Red, tayang di Amerika Serikat 15 November 2013
- Episode 2: Cubone, tayang di Amerika Serikat 18 November 2013
- Episode 3: Giovanni, tayang di Amerika Serikat 20 November 2013
- Episode 4: Charizard (Lizardon), tayang di Amerika Serikat 22 November 2013
Dengan kekuatan Mega Charizard X, Red berhasil menangkap Mewtwo. Hingga terkumpul 150 Pokemon dalam Pokedex Red. Pada akhir anime, terlihat Mew, Pokemon terakhir yang belum tertangkap.