Pada permulaan game Harvest Moon: The Tale of Two Towns, diharuskan untuk memilih salah satu kota sebagai tempat awal memulai permaianan, apakah itu Bluebell atau Konohana. Setiap kota memiliki ciri khas unik tersendiri, orang-orang (NPC), festival, toko, dan feature lainnya. Kedua kota memiliki peternakan yang dapat digunakan dan dikembangkan menjadi lebih besar. Adapun bila ingin mencoba feature lain di kota lainnya, di akhir musim akan ada feature game untuk berpindah kota.
Berikut ini adalah ulasan feature yang ditawarkan setiap kota dalam game Harvest Moon: The Tale of Two Towns.
Bluebell
Bluebell merupakan kota dalam game Harvest Moon: The Tale of Two Towns dengan gaya Eropa. Terdapat patung besar di tengah kota. Kelebihan dari Bluebell ialah pada kualitas binatang ternaknya, dan tentu saja untuk mendapatkan binatang ternak harus membeli di Bluebell. Terdapat semacam gereja di sisi luar kota.
Beberapa calon pasangan yang dapat diajak menikah yang tinggal di Bluebell antara lain Ash, Cam, Laney, Georgia, dan Alisa.
Untuk festival yang khusus untuk warga Bluebell antara lain ialah Spring Harmony Day, Animal Festival, Bare-handed Fishing Contest, Star Gazing, Pumkin Festival, Winter Harmony Day, dan Starry Night.
Sementara itu untuk feature yang tersedia di peternakan Bluebell (baik di awal dan setelah pengembangan) antara lain Bee Hives, Cheese Maker, Yarn Maker, Drink Maker, dan Pet Playpen. Peternakan Bluebell juga menawarkan jumlah binatang ternak yang lebih banyak untuk dapat dikembangkan.
Konohana
Konohana merupakan kota dengan gaya khas Asia Timur. Terdapat banyak tanah ladang di Konohana. Hasil tanaman merupakan keunggulan dari Konohana, untuk sayuran atau juga tanaman buah. Di Konohana terdapat klinik rumah sakit.
Beberapa calon pasangan yang tinggal di Konohana antara lain Kana, Reina, Dirk, Nori, dan Hiro.
Untuk festival yang khusus bagi warga Konohana yakni Flower Festival, Children's Day, Crop Festival, Bug Catching Festival, Fishing Contest, Moon Viewing, dan Snow Festival.
Sedangkan feature peternakan (baik di awal maupun setelah dikembangkan) ialah Rice Paddy, Seed Maker, Flour Mill, Fermenter, dan Fish Pond. Tanah untuk berladang juga lebih luas, bisa digunakan untuk menanam banyak tanaman buah.