Boruto Oneshot menceritakan tentang petualangan Boruto Uzumaki, sebelum kisah dalam film Boruto: Naruto the Movie. Pada awal manga ini memperkenalkan tim ninja Boruto yang dipimpin oleh Konohamaru Sarutobi, dilihat dari sudut pandang Mitsuki.
Konohamaru berasal dari klan yang disegani di Konoha, merupakan cucu dari Hiruzen Sarutobi, Hokage ketiga, yang juga dikenal sebagai Professor Ninja. Hiruzen Sarutobi banyak berjasa dalam mengembangkan Konoha. Paman dari Konohamaru yang sudah meninggal, Asuma Sarutobi merupakan mantan anggota 12 ninja penjaga Konoha. Sementara itu kedua orang tua dari Konohamaru merupakan Jounin elite, sebagai Anbu, yang bekerja langsung dengan perintah dari Hokage. Konohamaru sangat mengidolakan sosok Naruto, ayah Boruto.
Boruto Uzumaki merupakan anak laki-laki pertama dari Naruto Uzumaki dangan pasangannya Hinata Hyuga. Naruto merupakan pahlawan yang mengakhiri perang ninja keempat, sekaligus merupakan Hokage ketujuh. Hinata Hyuga merupakan Jounin elite yang memiliki kekuatan kekkei genkai byakugan, berasal dari keturunan bangsawan klan Hyuga yang sangat terpandang dan disegani di Konoha. Boruto memiliki seorang adik perempuan yang bernama Himawari.
Anggota kedua ialah Sarada Uchiha. Kedua orang tua Sarada adalah sahabat baik dan rekan satu tim dari ayah Boruto. Ayah Sarada adalah Sasuke sahabat sekaligus rival terberat Naruto. Sasuke juga merupakan satu-satunya anggota klan Uchiha yang legendaris, yang masih hidup dalam perang ninja keempat. Klan Uchiha disebut sebagai yang terkuat di Konoha. Ibu kandung Sarada adalah Sakura Haruno, anak didik dari Hokage kelima, Tsunade. Sakura mewarisi Hyakugou no Jutsu dari Tsunade, memiliki kemampuan ninjutsu medis yang luar biasa, dan kekuatan taijutsu yang mematikan. Berbeda dengan Boruto, Sarada memiliki ambisi besar untuk menjadi Hokage suatu saat nanti. Kedua orang tua Sarada merupakan ninja elite, sama seperti Boruto.
Anggota terakhir ialah Mitsuki. Sosok misterius yang mampu memanjangkan anggota tubuhnya. Dalam cerita Naruto Gaiden, Mitsuki merupakan teman dekat Boruto. Dia terlihat menemani kemana Boruto pergi. Dalam cerita ini Mitsuki begitu mengagumi Boruto, dia percaya bahwa misi sulit seperti apapun akan bisa diselesaikan oleh Boruto, dan suatu saat Boruto akan menjadi Hokage sama seperti ayahnya. Ada rahasia yang Mitsuki sembunyikan. Ia terlahir sebagai anak laki-laki dari Legendary Sannin Orochimaru. Dia memiliki kulit tubuh yang pucat dan mata yang mirip seperti Orochimaru sang ayah. Dalam awal cerita Boruto dan Sarada tidak mengetahui bahwa ayah dari Mitsuki adalah Orochimaru, kehidupannya penuh dengan misteri. Orochimaru bersama dengan Tsunade dan Jiraiya merupakan tiga ninja legendaris (Sannin) yang dibimbing oleh Hiruzen Sarutobi. Sekarang cucu dari Hiruzen Sarutobi, menjadi pendamping dan pemimpin Mitsuki dan Boruto.
Diceritakan Konohamaru berniat melakukan misi latihan dengan tiga anak didiknya tersebut. Misi yang sama seperti yang dilakukan Hiruzen dan Kakashi, misi latihan mengambil bel. Hanya ada dua bel yang harus direbut oleh mereka bertiga. Namun hasil akhir dalam misi latihan ini berbeda jauh seperti saat Kakashi mengalahkan Naruto, Sasuke, dan Sakura. Kali ini berakhir dengan kisah konyol Konohamaru dan Boruto dihajar oleh Sarada.
Perbedaan Naruto dan Boruto
Pasangan ayah dan anak ini memiliki banyak kesamaan, mulai dari penampilan fisik, jurus ninja, sifat yang suka berbuat onar, hingga fakta bahwa ayah dari keduanya adalah Hokage. Ayah Naruto adalah Hokage ketiga, Minato Namikaze, kakek dari Boruto. Boruto tumbuh dalam bayang-bayang kehebatan Naruto pahlawan perang dunia ninja keempat sekaligus Hokage ketujuh.
Meski banyak kemiripan antara keduanya, banyak juga perbedaan dari mereka berdua. Berbeda dengan ayahnya, Boruto dianggap sebagai bocah ajaib saat masih di akademi ninja dan saat pertama kali menjadi genin. Karena ia telah memiliki kemampuan ninjutsu dan taijutsu yang special. Jauh lebih baik jika dibandingkan dengan Naruto pada saat masih di akademi ninja. Dari Naruto, Boruto mewarisi kemampuan untuk menggunakan Kage Bunshin no Jutsu dan juga Rasengan. Selain itu dia juga mampu menggunakan Juken (gentle fist) yang menjadi ciri khas klan Hyuga. Meski tidak memiliki byakugan, Boruto mampu menggunakan Juken untuk merusak aliran chakra lawannya.
Boruto tumbuh bersama dengan keluarga yang lengkap. Sedangkan Naruto merupakan sosok yatim piatu, yang mana pada awal cerita ia sama sekali tidak tahu siapa kedua orang tuanya. Tujuan Boruto adalah menjadi ninja yang lebih hebat dari ayahnya, ia tidak tertarik untuk menjadi Hokage. Sementara itu Naruto pada saat kecil ingin menjadi Hokage dan diakui oleh semua orang di Konoha, lepas dari rasa kesepian.
Anehnya Boruto memiliki kesamaan dengan kakek angkatnya, yakni Jiraiya. Pada waktu masih genin Jiraiya dibimbing oleh Hokage ketiga, sedangkan Boruto dibimbing oleh cucu dari Hokage ketiga. Jiraiya bekerja satu tim dengan Orochimaru, orang tua Mitsuki, dan Tsunade, yang tidak lain adalah guru dari Sakura, ibu Sarada. Jiraiya menolak menjadi Hokage dan lebih menginginkan Tsunade yang menempati jabatan tersebut. Boruto tidak tertarik untuk menjadi Hokage, akan tetapi rekan satu timnya, Sarada, sangat antusias akan hal tersebut.
Rahasia Masa Lalu Mitsuki
Seorang bocah laki-laki yang terluka parah itu akhirnya tersadar, ia adalah Mitsuki. Dalam perawatan Orocimaru dan Suigetsu, nyawa Mitsuki berhasil selamat, namun ingatannya hilang. Suigetsu yang menyadari bahwa ingatan Mitsuki hilang, mencoba menyerangnya untuk menguji kemampuannya. Beruntung, meski ingatannya hilang Mitsuki tetap mampu membela diri dengan kemampuan ninja yang dimilikinya.
Orochimaru kemudian menjelaskan bahwa ingatan Mitsuki telah dicuri oleh seorang ninja yang memiliki kemampuan manipulasi ingatan orang lain, yang disebut sebagai Log. Ada hal yang diinginkan oleh Orochimaru dari Log, selain itu Orochimaru juga menjelaskan bahwa Mitsuki adalah anaknya yang special. Mitsuki terlihat begitu bingung dan kurang percaya pada Orochimaru. Guna mendapatkan ingatannya kembali serta sesuatu yang diinginkan Orochimaru, mereka menyergap tempat persembunyian dari Log.
Tempat persembunyian Log dilengkapi dengan barrier pelindung. Orochimaru menjelaskan bahwa barrier tersebut hanya bisa ditembus dengan kekuatan special yang dimiliki oleh Mitsuki, dan benar saja ia dapat menembusnya. Log yang menyadari bahwa barrier yang ia pasang telah tertembus, menyambut kedatangan Orochimaru dan Mitsuki. Sosok Log sangat misterius dengan armor dan topeng seperti robot. Tanpa banyak buang waktu, Log menantang Orochimaru, pertarungan antara keduanya tidak terhindarkan. Meski pada awalnya sulit dikalahkan, Orochimaru akhirnya berhasil melumpuhkan Log dan membuatnya tidak berdaya. Orochimaru kemudian memutuskan masuk ke dalam tempat persembunyian Log untuk mengambil barang yang dicarinya, dan ia menyuruh Mitsuki mengawasi Log.
Pada saat hanya berdua saja, Log mencoba memberitahu Mitsuki bahwa ia hanya dimanfaatkan saja oleh Orochimaru. Untuk membuktikan perkataannya, ia menyuruh Mitsuki untuk melepas topengnya. Karena Log sudah tidak dapat bergerak, Mitsuki beranggapan tidak salah mengikuti perintahnya. Betapa terkejutnya Mitsuki begitu melihat wajah Log. Wajahnya sangat mirip dengannya, Log kemudian menjelaskan bahwa namanya adalah Mitsuki.
Mitsuki adalah nama dari hasil percobaan Orochimaru, manusia synthetic buatan. Nama Mitsuki diambil dari kata Mi zodiak China keenam yakni ular, dan kanji Tsuki yang berarti wadah kosong. Log merupakan sosok Mitsuki dewasa, yang memberontak pada Orochimaru karena ia menganggap manusia synthetic buatan seperti dirinya tidak pantas ada di dunia. Para Mitsuki hanyalah hasil percobaan Orochimaru untuk mewujudkan obsesi dan keserakahannya semata. Log mencuri materi penting (embryo) yang digunakan untuk membuat para Mitsuki, dan Orochimaru ingin mengambilnya kembali. Hal itu menjelaskan mengapa hanya Mitsuki yang bisa menembus barrier yang dipasang oleh Log. Log berniat menghancurkan embryo tersebut namun tidak bisa, karena benda tersebut disimpan dalam wadah yang tersegel, dan hanya Orochimaru yang memiliki kuncinya.
Orochimaru yang telah mendapatkan benda yang diinginkannya, berdiri di depan dua Mitsuki yang dianggapnya sebagai anak-anaknya. Ia menganggap bahwa percobaannya sah dan setelah ini ia akan membuat saudara untuk Mitsuki manusia synthetic buatan lainnya. Orochimaru dan Log meminta Mitsuki untuk mengikuti salah satu ideologi mereka. Mitsuki berada dalam dilema apakah ia harus menuruti Orochimaru yang menganggapnya sebagai anak, atau Log yang merupakan representasi sosok dirinya yang telah dewasa.
Dalam keadaan tertekan, Mitsuki berubah dalam Sage Mode, hampir sama seperti Kabuto. Ia kemudian merebut kunci dan benda yang dibawa oleh Orochimaru, kemudian pergi meninggalkan mereka berdua. Mitsuki mengambil jalannya sendiri. Selepas Mitsuki pergi, Log dan Orochimaru berbincang, dan mengatakan bahwa percobaan mereka berhasil, mereka tidak perlu membuat Mitsuki yang ketujuh. Tujuan percobaan mereka adalah membuat manusia synthetic yang dapat berpikir sendiri seperti manusia biasa, sekaligus sosok yang dapat menjadi cahaya di dunia ninja saat dalam kegelapan. Untuk itu, Mitsuki membutuhkan partner yang tepat, sosok Matahari yang penuh cahaya di siang hari, dengan begitu Mitsuki akan menjadi Bulan, yang memantulkan cahaya Matahari di malam hari. Sosok Matahari tersebut adalah Boruto. Di dalam benda yang direbut Mitsuki dari Orochimaru, ada informasi mengenai Boruto. Hal tersebut disengaja oleh Orochimaru dan Log, yang kemudian mengarahkan Mitsuki untuk menuju ke Konoha dan berteman dengan Boruto.
Itulah latar belakan dan masa lalu dari Mitsuki, sekaligus alasan mengapa ia begitu mengagumi dan percaya pada Boruto. Selain itu Tsuki memiliki arti lain, yakni bulan. Kedua Tsuki (wadah kosong dan bulan) memiliki cara penyebutan yang sama, namun aksara kanji yang berbeda.